Фонд борьбы с коррупцией оппозиционера Алексея Навального попал в сводный план проверок субъектов предпринимательства министерства юстиции на 2016 год. В заголовке страницы, на которой содержится информация о проверке, указан 2015 год, однако данные о проверке выдаются именно при поиске по базе данных плана проверок на 2016 год. 

ФБК собираются проверять в августе. Проверка займёт 20 дней. Цель Минюста — проверить организацию на соответствие деятельности целям, предусмотренным учредительными документами, и закону «О некоммерческих организациях». 

В декабре 2015 года Фонд борьбы с коррупцией выпустил фильм о бизнесе семьи генерального прокурора России Юрия Чайки. В расследовании говорится о коррупции и рейдерских захватах крупных предприятий по всей России, якобы совершённых сыном чиновника Артёмом Чайкой. Также ФБК уличил бывшую жену замгенпрокурора Георгия Лопатина Ольгу Лопатину в связях с жёнами Сергея Цапка и Вячеслава Цеповяза, основных фигурантов дела об убийствах в станице Кущёвской Краснодарского края. 

Юрий Чайка назвал расследование фонда заказным и заявил, что за ним стоит глава фонда Hermitage Capital Уильям Браудер. ФБК пытается опровергнуть эти заявления генпрокурора в суде. К Чайке было подано уже девять исков в разные московские суды, однако по разным причинам ни один из них не приняли к рассмотрению.